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紀(jì)寧實(shí)業(yè)為您掌握生物技術(shù)動(dòng)態(tài)

2020-08-06 [1602]

Feasey等人對1948年至2013年間收集的675個(gè)腸炎沙門氏菌菌株進(jìn)行測序,其中496個(gè)樣本來自非洲,主要是撒哈拉以南非洲地區(qū),還有部分來自北非地區(qū)。

研究人員將這些腸炎沙門氏菌序列以及一個(gè)雞沙門氏菌(Salmonella enterica serovar Gallinarum)基因組與腸炎沙門氏菌參考株系的基因組進(jìn)行比對。通過系統(tǒng)進(jìn)化分析,研究人員發(fā)現(xiàn)了三個(gè)腸炎沙門氏菌分支:一個(gè)是包含參考菌株在內(nèi)的分支,一個(gè)是主要位于西非的分支,還有一個(gè)主要是中非或東非的分支。其余58個(gè)菌株具有進(jìn)化、地理及時(shí)間上的差異。

研究人員指出,分支中包含了250個(gè)菌株。在進(jìn)行耐藥性檢測的144個(gè)菌株中,104個(gè)菌株對所有測試的抗生素都易感,5個(gè)菌株具有多重耐藥性,1個(gè)菌株對萘啶酸耐藥。西非分支中,除了一個(gè)菌株來自美國,其余均來自西非地區(qū)。該分支中的菌株都是高度耐藥的,94%的菌株至少對一類抗生素具有耐藥性。中非/東非分支中菌株主要來自中非、東非地區(qū),僅2個(gè)菌株來自南非,該分支中約82%的菌株具有多重耐藥性。

通過這些腸炎沙門氏菌基因組的測序,F(xiàn)easey等人發(fā)現(xiàn)了包含約4000個(gè)基因的核心基因組和包含1.4萬個(gè)預(yù)測基因的附屬基因組。

預(yù)測基因中有57個(gè)基因是分支中*的,都與前噬菌體phiSE20相關(guān),phiSE20是菌株入侵雞蛋和小鼠所必需的。西非分支中包含15個(gè)*的預(yù)測基因,其中11個(gè)與質(zhì)粒相關(guān)。中非/東非分支中含有77個(gè)*的預(yù)測基因,其中33個(gè)與毒性質(zhì)粒相關(guān),40個(gè)與新的前噬菌體區(qū)域相關(guān)。這兩個(gè)非洲分支共有的預(yù)測基因有102個(gè),其中1個(gè)基因與新的前噬菌體區(qū)域相關(guān)。

同時(shí),研究人員還重構(gòu)了腸炎沙門氏菌的毒性質(zhì)粒,發(fā)現(xiàn)它的系統(tǒng)發(fā)生出現(xiàn)在主要染色體之后,這表明,每個(gè)譜系都能穩(wěn)定地保持質(zhì)粒,而且質(zhì)粒與染色體一起變得多樣化。

研究人員指出,非洲分支具有差異化的宿主適應(yīng)性標(biāo)簽。例如菌株D7795含有42個(gè)推定的受損基因,而其中大部分受損基因都與腸道內(nèi)定植和從糞便中脫落相關(guān),此外還有一些基因與代謝過程例如鈷胺素的生物合成相關(guān)。這說明這個(gè)分支經(jīng)歷了還原進(jìn)化。

文章作者、桑格研究所的NickThomson說,“這項(xiàng)研究說明了一個(gè)非常重要的問題,即一種相對溫和的細(xì)菌在合適的條件下可以演變成一種更加危險(xiǎn)的病原體。”

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